合肥市食品经营许可证的网上办理流程如下：

1. 登录安徽省行政审批官网，进入“在线办事”栏目，选择“食品经营许可证”。

2. 进入办事指南页面，仔细阅读材料清单和说明，准备好所有相关资料。

3. 点击“办理”按钮，填写个人信息并上传所有必要的证明材料。

4. 完成申请表格后，系统会自动产生一份电子申请表，申请人需要仔细核对是否填写正确，同时提交之前需再次确认。

5. 提交申请表格后，等待工作人员审核资料。如有缺陷或不符合要求，会通知申请人及时补充材料。

6. 审核通过后，申请人可以在网上下载并打印食品经营许可证。

7. 如有需要，可在申请表格中选择快递邮寄方式，领取实体许可证。

以上是合肥食品经营许可证网上办理的流程，需要的资料非常多，建议在办理前还是咨询专业的人士，因为食品证的办理有很多要求，做不同类型的餐饮对装修的要求，对门面的要求是不一样的，不是一句话说的清楚，在日常工作中，我们遇到过很多客户有些地方租下来了却办不了食品证，有些自己先装修了但无人指导导致装修不符合办证要求。因小失大。损失不小。具体操作时仍需根据实际情况来进行。如果您遇到问题，可以咨询当地有关部门或者拔打客服热线。